ONG documentaron en un informe preliminar, graves violaciones a los derechos humanos en Nochixtlán, que durante el desalojo del 19 de junio, policías federales y locales incurrieron en graves violaciones a las garantías fundamentales, incluso en poblaciones aledañas, como Huitzo, Telixtlahuaca, Hacienda Blanca y Viguera.
Las instituciones procuradoras de justicia dejaron de cumplir la función para la cual fueron creadas, permitiendo que con su actuar se perdieran o contaminaran evidencias, ante lo cual exigieron el establecimiento de una cadena de custodia de los hechos.
De acuerdo con el informe que firmaron, entre otros, el Comité de Defensa Integral de Derechos Humanos Gobixha, el Consorcio para el Diálogo Parlamentario y la Equidad Oaxaca, Fundar y el Centro de Análisis e Investigación, durante el operativo policiaco contra el magisterio disidente hubo uso excesivo de la fuerza pública.
