En tres años la Auditoría Superior de la Federación (ASF) detectó irregularidades por más de mil millones de pesos en el Programa de Estancias Infantiles para Madres Trabajadoras. En una revisión a las auditorías realizadas a este programa, la ASF determinó recuperaciones probables por mil 159 millones de pesos; de esta cantidad, mil 89 millones de pesos corresponden al año 2012, 69 millones 389 mil pesos a 2016, mientras que en 2014 se reportaron 277 mil 900 pesos.

Beneficiarios duplicados, inconsistencias en los domicilios registrados de las guarderías, deficiencias en la comprobación de los apoyos y falta de un programa de Protección Civil son algunas de las irregularidades. En 2007, durante la administración del entonces presidente Felipe Calderón, se creó el Programa de Guarderías y Estancias Infantiles, que tenía como objetivo disminuir la vulnerabilidad de los hogares encabezados por una madre trabajadora o padres solos. Para 2009 cambió su nombre a Programa de Estancias Infantiles para Apoyar a Madres Trabajadoras, su denominación actual.

La auditoría financiera realizada a ese programa en 2012 detectó —entre otras anomalías— que la delegación de Sedesol en Tlaxcala no comprobó apoyos entregados a 10 estancias infantiles para la revalidación del Programa Interno de Protección Civil, así como para el cumplimiento de trámites.

Además de las 207 guarderías de esa entidad afiliadas al programa en ese año, 57 no contaron con licencia de uso de suelo, mientras que en 24 la autoridad local las exentó de tener las licencias, argumentando que se trata de instituciones con un fin social.

Para 2014 la ASF observó irregularidades como el pago por 140 mil pesos para el apoyo denominado Impulso a los Servicios de Cuidado y Atención Infantil a dos estancias, una en Michoacán, que no procedió su incorporación al programa, y otra en Jalisco, de la cual su domicilio no corresponde al registrado para recibir el subsidio.

En 2016 el órgano auditor señaló diferencias entre la base de datos de beneficiarios y el monto ejercido del presupuesto. Destacó que la delegación de la dependencia en la Ciudad de México no mostró evidencias del pago a los beneficiarios; en tanto que en el Estado de México no se identificaron los depósitos para los apoyos de 67 guarderías.