¿La comida pierde su valor nutricional al exponerse a las radiaciones que emite esta máquina? Sí, pero hay otros métodos que son más dañinos. De hecho, el microondas puede preservar más que los métodos de cocción lenta como freír, hervir o escaldar. Los factores que determinan qué tan dañino es un proceso son la duración, la cantidad de líquido que se utiliza (los microondas no requieren agua para calentarse) y la temperatura de cocción. 

Dado que los hornos de microondas a menudo usan menos calor que los métodos convencionales e implican tiempos de cocción más cortos, generalmente tienen efectos menos destructivos.

Un estudio de la Universidad de Cornell, analizó los efectos de la cocción en vitaminas hidrosolubles en vegetales y descubrieron que la espinaca retenía casi todo su folato cuando se cocinaba en un microondas, pero perdió un 77 por ciento cuando se cocinaba en una estufa. También encontraron que el tocino cocinado por microondas tiene niveles significativamente más bajos de nitrosaminas causantes de cáncer que el tocino cocinado convencionalmente.