De acuerdo a las investigaciones de los historiadores, la cuenca de México era asombrosa, tan es así que maravilló a los españoles a su llegada. De eso solo quedan pequeños lagos, asentamientos humanos y aguas negras donde antes había canales que proveían de agua.

La Cuenca de México al principio no tenía salidas hacia el mar y los escurrimientos generaron un gran lago. En el siglo XV había islas donde se asentaba la raza azteca. Había obras hidráulicas que controlaban el paso de agua a las poblaciones y evitaban que se inundaran.

Debido a los asentamientos, durante la conquista disminuyó el agua de los lagos, también en parte por la deforestación. En esa misma época empezaron las obras de desagüe.
La cuenca fue disminuyendo debido a accidentes naturales como las fracturas que filtraban el agua hacia el sur. También debido a los sismos que permitieron que el lago se extendiera hacia el norte.

“Una ventaja de la Cuenca de México es que, a diferencia de otras grandes ciudades del mundo, no tiene un cauce de un río de gran flujo que le sirva de soporte hídrico. En cambio tiene una arcilla lacustre que se generó por este proceso endorreico, que formó ese lago original y que al irse desecando formó un área lacustre”, explica Cuauhtémoc Torres Ruata, maestro del Instituto de Geografía de la UNAM.

Hoy, por la falta de un gran cauce, hay un conjunto de ríos que bajan de la Sierra nevada y que conducen aguas negras.

Las primeras inundaciones se ocasionaron por el desnivel de los lagos.

Todavía en el siglo XV la cuenca contaba con seis lagos: el de Texcoco, el de Chalco, el de Xochimilco, el de Xaltocán, el de San Cristóbal y el de Zumpango. Los aztecas se asentaron sobre una fracción del Lago de Texcoco en una isla artificial.

A principios del siglo XX se acabó la construcción del gran canal de desagüe y en los sesentas se inició la habilitación del drenaje profundo para sacar las aguas negras de la Ciudad de México.

La extracción inapropiada del agua provocó el hundimiento de la ciudad que se ha podido controlar en parte con grandes obras de ingeniería.